자영업자도 받을 수 있는 세액공제 항목 총정리 (2025년 최신 가이드)

 

자영업자도 받을 수 있는 세액공제 항목 총정리 (2025년 최신 가이드)

자영업자도 세액공제를 적극 활용해야 한다

자영업자는 세액공제를 통해 납부해야 할 세금을 합법적으로 줄일 수 있다.
하지만 많은 자영업자가 적용 가능한 세액공제 항목을 제대로 알지 못해
불필요하게 많은 세금을 납부하거나 환급 기회를 놓치는 경우가 많다.

국세청, 홈택스, 국세법령정보시스템 기준으로
자영업자가 받을 수 있는 세액공제 항목을 체계적으로 정리했다.

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세액공제란 무엇인가?

세액공제 기본 개념

세액공제란, 산출된 세금에서 일정 금액 또는 일정 비율을 직접 차감해주는 제도를 의미한다.
소득공제는 과세표준을 줄이는 것이라면,
세액공제는 산출세액을 직접 줄이는 것이기 때문에
절세 효과가 훨씬 크다.

법적근거: 소득세법 제59조의3, 조세특례제한법 등

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자영업자가 받을 수 있는 주요 세액공제 항목

1. 근로장려금 및 자녀장려금

• 일정 소득 이하의 사업자는 근로장려금, 자녀장려금을 신청해
  세액환급을 받을 수 있다.
• 사업소득자도 신청 가능하며, 소득과 재산 요건을 충족해야 한다.

근거: 조세특례제한법 제100조의21

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2. 국민연금, 건강보험료 세액공제

• 자영업자가 납부한 국민연금, 건강보험료, 고용보험료는
  연간 납부액의 일정 비율을 세액공제 받을 수 있다.

항 목	세액공제율
국민연금	12%
건강보험료	12%
고용보험료 (임의가입)	12%

근거: 소득세법 제59조의3 제1항 제1호

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3. 전자신고 세액공제

• 홈택스 또는 모바일로 전자신고를 완료한 경우
  종합소득세 신고 시 일정 금액을 세액공제 받을 수 있다.

구 분	세액공제 금액
전자신고 완료 시	2만 원 한도 (1회 한정)

근거: 조세특례제한법 제121조

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4. 성실신고확인대상자 세액공제

• 성실신고확인대상자(연 매출 7.5억 원 이상 사업자)가
  세무사에게 성실신고확인을 받으면
  세액 일부를 공제받을 수 있다.

매출 구간	세액공제 한도
15억 원 이하	120만 원
15억 원 초과	150만 원

근거: 조세특례제한법 제126조

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5. 중소기업 취업자 소득세 감면 (특정 업종)

• 제조업, 숙박·음식점업 등 일부 업종에 한해
  사업자가 60세 이상 근로자, 장애인, 경력단절여성 등을 채용할 경우
  소득세 감면 혜택을 받을 수 있다.

근거: 조세특례제한법 제30조

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추가로 받을 수 있는 세액공제 항목

1. 신용카드 등 사용금액 소득공제

• 사업자가 개인용 신용카드로 지출한 일부 금액은
  종합소득세 신고 시 소득공제로 반영 가능하다.

주의: 사업용 경비로 인정받은 경우 이중공제 불가

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2. 중소기업 특별세액감면

• 매출액이 8천억 원 이하인 중소기업이
  제조업, 전자상거래업 등 특정 업종을 영위하는 경우
  소득세의 5~50%를 감면받을 수 있다.

근거: 조세특례제한법 제7조

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3. 투자세액공제 (생산성 향상시설 투자)

• 일정 요건을 충족하는 기계·설비에 투자할 경우
  투자금액의 일부를 세액공제 받을 수 있다.

근거: 조세특례제한법 제25조

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세액공제와 소득공제의 차이 정리

| 구분 | 소득공제 | 세액공제 | | --- | --- | | 적용 시점 | 과세표준 산출 전 | 산출세액 산출 후 | | 효과 | 세율 곱해져 간접 감면 | 세액을 직접 차감 | | 대표 항목 | 국민연금, 건강보험료 일부 | 근로장려금, 성실신고확인공제 등 |

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자영업자 세액공제 적용 시 주의사항

1. 이중공제 금지

• 같은 항목을 소득공제와 세액공제로 동시에 적용할 수 없다.
• 예를 들어 국민연금은 세액공제 또는 필요경비 중 하나만 선택 가능하다.

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2. 증빙자료 보관

• 공제 신청 시 필요한 영수증, 납부확인서, 계약서 등을
  최소 5년간 보관해야 한다.

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3. 요건 충족 여부 확인

• 소득요건, 업종요건, 사용처 요건 등을 반드시 사전 확인해야 한다.

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자영업자 세액공제 요약표

세액공제 항목	공제율 또는 공제액
국민연금 납부 세액공제	12%
건강보험료 세액공제	12%
전자신고 세액공제	2만 원 한도
성실신고확인 세액공제	최대 150만 원
근로장려금	소득 및 재산 요건 충족 시
중소기업 특별세액감면	업종 및 매출요건 충족 시 5~50% 감면

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참고자료

• 국세청 홈택스 https://hometax.go.kr
• 국세법령정보시스템 https://law.nanet.go.kr
• 고용노동부 자영업자 지원정책
• 조세특례제한법, 소득세법, 부가가치세법 등 공식 자료

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마무리

이 글은 2025년 4월 기준 국세청, 홈택스, 국세법령정보시스템 자료를 바탕으로 작성되었다.
자영업자는 다양한 세액공제 제도를 적극적으로 활용하여
합법적으로 세금을 줄이고, 사업 경영을 안정화할 수 있다.